Domoaren sorrera azaltzeko, bi fase orokor nabarmendu daitezke. Batetik, gaur Domoan aurki ditzakegun materialak pilatu ziren garaia dago. Bestetik, material horiek goratu eta gaur egungo itxura lortu arteko eraldaketa prozesua aipatu behar da.

Materialen metaketa orain dela 120 milioi urte sortzen hasitako itsaso batean gertatu zen, Kretazeo deituriko garaian. Gaur egun Ataun deitzen diogun eremua itsaspean zegoen garai hartan, baina itsaso hartan ere, milioika urteetan zehar, baldintza  ezberdinetako momentuak egon ziren. Kosta gertuago zegoen garaietan, ibaiek kontinentetik garraiaturiko buztinak ugariagoak ziren. Horrela sortu ziren tupak eta lutitak. Kosta urruntzearekin, ordea, buztinak gutxiagotu eta karbonatodun materialen metaketa nagusitu zen, kareharriak sortuz. Karbonato pilaketa hori, garai hartako itsasoan bizi ziren mota ezberdinetako molusku eta koralei zor zaie. Izan ere, hauek hiltzerakoan, hauen oskol eta egiturak itsaspean metatu ziren, gaur egun Domoan gailentzen diren kareharriak sortuz. Horrela, milioika urteetan zehar, itsaspean buztin kontzentrazio handiko materialen artean, kareharri geruza bat pilatu zen, sandwich bat balitz moduan. Gerora ere, geruza horien gainean, milaka metro metakin edo sedimentu gehiago ere pilatu ziren. Kretazeo garai honetan itsaspeak jasan zituen prozesuen ondorioz, geruza horiek ez zituzten gainazal lau batzuk osatzen, tolestuta zeuden, arku bat sortuz bezala.

Orain dela 50 milioi urte, ordea, orogenia alpetarra deituriko garaia hasi zen: Iberiar plakak Europarekin talka egin zuen eta gertakari hark sorturiko indarren ondorioz, milioika urtetan zehar itsaspean metaturiko materialak goratzen hasi ziren. Ataungo Domoa ezezik, Euskal Herriko eta Pirinioetako mendiak ere orduan altxatu ziren. Hemen urpean kokatzen ziren tolesturiko material horiek kontrako norantzan deformatzen hasi ziren, bi tolesduren arteko interferentzia bat sortuz. Horren ondorioz, material horiek kupula edo esfera-erdi moduan altxatzen hasi ziren. Goratze prozesu hark 20 milioi urte inguru iraun zituen. Material hauek, lehenengo itsaspetik ateratzerakoan eta gero prezipitazioen eraginez, higatuz joan dira milioika urteetan zehar, gaur arte. Domoko kupula horretan, kareharriak arroka buztintsuz osaturiko bi geruzen artean zeudenez, kupularen sabaia higatzearekin batera, kareharrien kanpoko eta barruko materialak azkarrago higatu dira, arroka buztintsuak (tupak eta lutitak) kareharriak baino biguinagoak direlako. Horregatik, Ataungo Domoa hain ikusgarria egiten duen kareharrizko koroa formako mailoak gailentzen dira.