El municipi ofereix grans possibilitats per als amants de l’espeleologia, ja que en Ataun existeixen nombrosos avencs i coves catalogades. Poden ser dos tipus de sistemes càrstics: actius o inactius. Els actius són els que formen part dels sistemes fluvials. És el cas de Marumendi, Malkorburu i la major part de les coves i avencs dels voltants d’Alleku, incloent en aquest grup la cova d’Ubegi i la de Malkorburu. Els inactius, per contra, han estat originats pel procés de karstificación i són sistemes que actualment solen estar replets d’estalactites i estalagmites. D’aquest últim tipus són la majoria de les cavitats del Dom d’Ataun.
Ataun està replet de coves i avencs, entre les quals abunden les restes humanes de fa 5.000 anys: Usategi, Limurita (desapareguda en explotar la pedrera), Pikandita, Kobazar, Armontaitz, etc.
La cova de Troskaeta és una de les coves més conegudes d’Ataun. Té una longitud d’un quilòmetre i al final un bell pou d’aigua. Aquesta cova sembla haver estat el refugi d’ossos de l’espècie Ursus spelaeus de fa 20.000 anys. S’han trobat milers d’ossos d’aquesta espècie extinta.
Tenint en compte que la pràctica de l’espeleologia és una activitat d’equip, es recomana que es realitzi en grup, amb totes les mesures de seguretat i amb el material adequat.
