El órgano ejerce un gran poder de atracción sobre todo aquel que entra en la iglesia y lo ejerce, además, sin demora, de manera inmediata e inevitable. Y es que la caja, como elemento más visible y perceptible, destaca por su decoración y la gran elegancia de su conjunto. Es obra de los maestros Juan Antonio de Maiz y Joaquín Antonio Barasategui, que trabajaron “conforme a la traza dispuesta por el organero”.

La fachada está formada por tres alturas bien definidas:

1. En el basamento está la ventana del teclado flanqueada por los tiradores de los registros. A Ambos lados se hallan las puertas de acceso al interior del órgano que dan directamente a la fuellería. La caja del órgano propiamente dicha es más reducida que la fachada y se corresponde con el espacio comprendido entre las puertas y la cornisa del frontón.
2. Entre el basamento y el frontón se encuentra la cara del órgano en la que se pueden apreciar hasta 81 tubos o caños (37 sonoros, 36 decorativos corpóreos y 8 decorativos simulados pintados) que se distribuyen de la siguiente manera:
   • En los cinco castillos en mitra se ubican los 37 tubos sonoros.
   • A ambos extremos, sobre las puertas, pintadas sobre tabla hay 8 caños simulados o decorativos, con las bocas decoradas con cascarones de moros, tocados con turbantes y exhibiendo dentaduras importantes. Sobre estos tubos se han pintado, una a cada lado , dos cortinas de damasco rojo con sus cordones y borlas.
   • Encima de las mitras pequeñas hay cuatro huecos más en dos alturas, dos encima de cada mitra. Los dos inferiores son en ala y las dos superiores en M. Todos ellos está formados por sendos grupos de cuatro años decorativos corpóreos cada uno. El conjunto resulta muy geométrico.
3. La fachada está remachada por un frontón circular, decorado con florones y volutas y con una ventana simulada de siete caños pintados en el tímpano.

Consta, además, de dos teclados: uno manual de 45 notas (C-c’’’) de octava grave diatónica (“octava corta”) y otro de Contras de 8 notas (C-H), diatómico; de 35 medios registros, 15 para los Bajones y 20 para los Tiples, más un juego de Contras. Los tiradores son de madera de nogal con los bolinches de los puños de boj.

En cuanto a la cañería, son en total 1.450 tubos: 1.399 sonoros y 51 decorativos. Los materiales utilizados en su elaboración han sido el estaño y la madera de castaño y de roble.

El secreto es de madera de nogal, de una pieza. Los tubos están colocados sobre 11 tablones aconductados. El de las Contras es un secreto de 2 piezas.

El sistema de alimentación está constituido por dos fuelles cuneiformes o de abanico, de siete pliegues cada uno. De madera de roble y montados con piel baldés, miden 1950 x 1040 mm. Un motor-ventilador silencioso encerrado en una cabina insonorizada alimenta los fuelles a través de una válvula articulada. Por tanto, los fuelles pueden ser accionados manualmente o alimentados por el motor-ventilador eléctrico.