El órgano se halla emplazado en el coro de la iglesia; es de estilo barroco y más concretamente, del llamado “barroco ibérico”. En Guipúzcoa sólo hay siete órganos de similares características y de ellos, el de Ataun es uno de los más importantes, un bellísimo ejemplar del apogeo sonoro de esta época.

En el fondo del arca de viento hay una inscripción manuscrita sobre papel que dice: “este órgano trabajo Lorenzo de Arrazola el año 1761 Becino de la Villa de oñate”. Es decir, fue construido por un ilustre organero y en la época más lúcida del órgano clásico o barroco ibérico. El coste comprometido de la construcción fue de 12.000 reales.

Los materiales utilizados para los elementos de madera fueron el nogal, castaño y roble y, en menor medida, el pino; para otros elementos, el estaño (cañería) y el hierro forjado.

En el año 1992 el maestro restaurador Jose Maria Arrizabalaga tuvo ocasión de verificar el estado que presentaba el órgano. En general, pudo comprobar que se había conservado en buenas condiciones (siendo de destacar el buen estado de la estructura de madera) y que ello se debía, sobre todo, a la inherente y excelente calidad del propio órgano. Sin embargo, todo eso no fue óbice para constatar la necesidad de restaurarlo (porque el transcurso del tiempo había dejado su inexorable huella) y con ese propósito, desmontaron este grandioso instrumento pieza por pieza y lo trasladaron hasta el taller que el citado experto tiene en Cataluña (en la iglesia sólo dejaron la caja vacía y el asiento del organista).

Finalizadas las tareas de restauración, el 11 de noviembre de 1996, festividad de San Martín, se celebró en la iglesia un concierto (dentro del programa del XVII Festival Bach) que sirvió para que todos los amantes de este instrumento volvieran a escuchar cómo las notas fluían de sus entrañas y salían el exterior trasformadas en música.