El riu Agauntza, neix en Ataun i desemboca les seves aigües al riu Oria en Beasain. Aquest riu, que neix en la zona de Lizarrusti i recorre els quinze quilòmetres que recorre el territori d’Ataun, recull les aigües de nombrosos rierols i ramals.

Quant a l’aigua, a més de la importància dels aqüífers del Dom d’Ataun, és necessari esmentar els aqüífers d’altres zones d’Aralar. De fet, en Aiaiturrieta, la deu més important d’Ataun, afloren tant les aigües al sud del Dom com les aigües del sud de la serra d’Aralar. Cal tenir en compte que part de les aigües d’Aiaiturrieta es destinen al proveïment humà.

També destaca l’embassament de Lareo. Si bé es troba en terrenys de la Mancomunitat d’Enirio-Aralar, tant l’accés al mateix com el llit dels seus cabals comuniquen directament amb Ataun.

A més, en Ataun existeixen altres rierols de gran importància. Com els ja esmentats Aitzarte i Kobatxo que travessen la vora del Dom o el rierol Lauztierreka que s’estén a l’oest del barri de Sant Gregori.