El Dom d’Ataun és una de les estructures més singulars des del punt de vista geològic. L’acumulació de diferents materials en la mar tropical de fa milions d’anys va provocar l’acumulació de roques calcàries entre roques argilenques. Quan la placa ibèrica va xocar amb l’europea, tots aquests materials van començar a deformar-se i a elevar-se. En el cas del Dom d’Ataun es va produir una interferència entre dos plecs, deformant les roques en forma de cúpula. A causa d’un llarg procés d’erosió que ha durat fins a l’actualitat, aquests materials han estat transformats fins a aconseguir el relleu actual. Els materials argilencs són més tous, per la qual cosa destaquen les calcàries en el paisatge, sobretot en els cingles de la vora del Dom.

L’àrea coneguda en la localitat com Aitzarte, com el seu nom indica, designa els terrenys que s’estenen dins dels cingles del Dom. Al seu voltant podem identificar els principals cims de la corona del Dom: Jentilbaratza, Aizkoate, Intzartzu, Arastortz, Agautz, Leizadi, Asundi i els Mallos de Loibe, entre altres. També destaquen els rierols que neixen en Aitzarte i que han erosionat la vora del Dom en dos punts formant els canons d’Aitzarte i Kobatxo.

L’erosió per dissolució de l’aigua en aquestes roques calcàries ha generat una enorme xarxa de cavitats. Per això, en el Dom ja s’han identificat més de 200 coves i avencs. Aquestes cavitats formen una enorme xarxa de galeries de milers de metres en el subsol. Els aqüífers existents també són de gran importància a causa del proveïment de nombrosos rierols i fonts del municipi.