En cuanto a sus componentes o mecanismos, cabe clasificarlos en:
- Externos: caja, consola y tubos de fachada.
- Internos:
- El sistema de alimentación: el órgano es un instrumento musical de viento y como tal, necesita una cantidad suficiente de aire, determinada, en parte, por el número de tubos que tiene. Este aire, que debe ser de flujo continuo y presión constante, lo proporcionan los fuelles.
- Los porta-vientos trasladan ese aire hasta los secretos, que son como cajas de madera sobre las que se colocan los tubos.
El aire generado por los fuelles llega, a través de un gran porta-vientos, a una caja de la misma longitud que el secreto, el arca del viento, y allí queda almacenado. Este arca ( que está herméticamente cerrada) se encarga de distribuir correctamente el aire a los tubos deseados. El arca de viento constituye la parte inferior del secreto donde terminan las extremidades de las transmisiones mecánicas. Éstas se enganchan a las válvulas, después de haber atravesado el arca de viento por unos orificios provistos de pequeñas membranas de piel, tetillas, que garantizan la estanquidad.
Las válvulas, que son de madera, se mantienen en posición de reposo contra el techo del arca de viento por medio de un resorte. Cuando el organista hunde una tecla, el movimiento es transmitido a la válvula que, abriéndose, deja entrar el aire en un canal. Estos canales alimentan en viento todos los tubos correspondientes a una misma nota del teclado.
Después, existe un dispositivo que permite al organista elegir los registros a su voluntad: las correderas, largas piezas de madera móviles que se intercalan ente dos placas también de madera. La placa o tapa inferior está fijada sobre los canales y contiene tantos agujeros como tubos hay; la superior estás asimismo agujereada y sus orificios ( donde se colocan directamente los tubos) coinciden con los de la tapa inferior; las correderas tienen, igualmente, agujeros coincidentes con los de ambas tapas. Para que un registro pueda sonar, los orificios de la corredera deben estar alineados con los de las tapas.
Finalmente, está la pandereta, conjunto de placas cuyo papel es el de mantener los tubos en posición vertical. - Los mecanismos de transmisión: Los elementos del secreto se ponen en movimiento a través de dos mecanismos complementarios: uno actúa sobre los registros (para elegir los timbres) y el otro sobre las válvulas (para elegir las notas).
- Accionamiento de los registros: los registros se accionan por medio de unos tirantes o tiradores de registros situados a ambos lados del teclado. El movimiento resultante se transmite a la corredera, que se desplaza, permitiendo el paso del aire a los tubos seleccionados de esta manera.
- Accionamiento de las válvulas: Si los tubos pudieran estas dispuestos justo encima de las teclas del teclado, el mecanismo de transmisión de notas sería muy simple. Pero normalmente esto no suele ser así, porque la longitud del secreto es superior a la de un teclado. La reducción viene a salvar este contratiempo: se trata de una placa con forma de trapecio cuyo lado mayor tiene igual longitud que el secreto y el menor la misma que el teclado. Se llama así porque «reduce» la longitud del secreto a la del teclado: Es decir, porque permite transmitir las órdenes de un teclado de aproximadamente 80 cm a los distintos tubos del secreto que pueden medir hasta 6 m e incluso más.
Sobre esta placa están fijadas unas barras de madera o de hierro que pilotan sobre su eje, los molinetes, cuya función es la de desplazar el movimiento lateralmente. A cada tecla le corresponde un molinete. Cada molinete consta de dos brazos: uno unido a la tecla de un extremo y el otro a la válvula del extremo opuesto. Al presionar una tecla, se provoca la rotación del molinete, que pivota ligeramente, lo que produce un movimiento idéntico del otro extremo o brazo. Este brazo, en consecuencia, acciona la válvula deseada que , abriéndose, deja pasar al aire a un canal. Es decir, mediante la reducción los dedos del organista accionan directamente la abertura de la válvula (condición indispensable para que el aire llegue hasta el tubo correspondiente y desde aquí salga al exterior convertido en música).