El municipio ofrece grandes posibilidades para los amantes de la espeleología, ya que en Ataun existen numerosas simas y cuevas catalogadas. Pueden ser dos tipos de sistemas kársticos: activos o inactivos. Los activos son los que forman parte de los sistemas fluviales. Es el caso de Marumendi, Malkorburu y la mayor parte de las cuevas y simas de los alrededores de Alleku, incluyendo en este grupo la cueva de Ubegi y la de Malkorburu. Los inactivos, por el contrario, han sido originados por el proceso de karstificación y son sistemas que actualmente suelen estar repletos de estalactitas y estalagmitas. De este último tipo son la mayoría de las cavidades del Domo de Ataun.
Ataun está repleto de cuevas y simas, entre las que abundan los restos humanos de hace 5.000 años: Usategi, Limurita (desaparecida al explotar la cantera), Pikandita, Kobazar, Armontaitz, etc.
La cueva de Troskaeta es una de las cuevas más conocidas de Ataun. Tiene una longitud de un kilómetro y al final un hermoso pozo de agua. Esta cueva parece haber sido el refugio de osos de la especie Ursus spelaeus de hace 20.000 años. Se han encontrado miles de huesos de esta especie extinta.
Teniendo en cuenta que la práctica de la espeleología es una actividad de equipo, se recomienda que se realice en grupo, con todas las medidas de seguridad y con el material adecuado.
NOTA: Las cavidades son hábitats naturales de fauna protegida. Se pide siempre respeto y silencio y se recomienda evitar las visitas de las cuevas entre noviembre y julio.