Es la primera iglesia que hubo en Ataun, ya que su existencia se remonta a fechas anteriores al año 1200. Aquella primitiva iglesia se habría construido hacia el siglo X. En el siglo XV, se empezó a erigir el actual edificio religioso en el mismo lugar que su predecesor.

Desde entonces y hasta el siglo XIX, ha conocido diversas modificaciones, reformas y añadidos, en función de la disponibilidad económica de cada momento y de otra serie de circunstancias condicionadotas. Así, en el solar que ocupaba la primitiva iglesia comenzaron los vecinos de Ataun la construcción de la parte delantera; posteriormente, trasladaron el ábside desde su ubicación natural (oriente) hacia una nueva ubicación (occidente), aunque, en propiedad, habría que significar que construyeron un nuevo ábside(por lo que hoy día cuenta con dos); luego modificaron el retablo y más tarde edificaron el coro, para, a continuación, situar allí un hermoso órgano (en 1761); finalmente, en 1833 levantaron la actual portada con su puerta principal.

La actual iglesia, como aquella otra originaria, está dedicada a San Martín de Tours, cuya devoción introdujeron, según opinión generalizada y contrastada, los peregrinos franceses que, en su camino hacia Santiago de Compostela, pasaban por Ataun.

Este pueblo ha gozado desde siempre de un gran acervo en el campo de la mitología y las leyendas (acervo que ha recuperado y conservado en gran parte gracias a la ingente labor de Joxemiel Barandiaran) y de ello da fe cierto relato que se cuenta en torno a aquella primitiva iglesia. Los cristianos querían edificarla en un sitio elevado, pero los gentiles se oponían a lo que consideraban una intromisión extraña en sus dominios (a saber, los montes y alrededores). Por eso, todo lo que los cristianos conseguían avanzar durante el día, los gentiles lo deshacían por la noche y trasladaban las piedras hasta el lugar en que hoy está sita la iglesia. Por fin, los cristianos se cansaron de tal juego y, cediendo, construyeron la iglesia donde hoy se halla ubicada. He aquí el desenlace de este relato: «Una noche, una mujer de Zaindi casa próxima a la iglesia – se puso a espiar desde la ventana con la intención de descubrir a los que trasladaban las piedras de un lugar a otro y vio a un gentil con su bueyes afanado en tal laboriosa tarea. El gentil se dio cuenta de que le espiaban y al pasar ante la ventana de aquella casa dijo:
Vamos blanco, vamos rojo, a esa mujer que nos está espiando, sácale el ojo izquierdo.
Desde entonces, la pobre mujer quedó tuerta».