Ugariak dira kontrastez beteriko erliebe malkartsu honetan aurkitu daitezken fauna eta flora espezieak.
Landarediari dagokionez, pagadiak dira Ataunen hedapen handiena duten basoak. Hauek Domoaren zenbait eremutan, Marumendi inguruan eta Lizarrustitik Aitxu mendira doan bizkarrean hedatuz, udalerriaren %36 estaltzen dute. Baso hauetan pagoa (Fagus sylvatica) gailentzen bada ere, haginak (Taxus baccata) eta gorostiak (Ilex aquifolium) ere tartekatzen dira. Pagadi hauen zati handi bat, gainera, hareharriek ematen dituzten lur azidoetan kokatzen direnez, Europar intereseko habitat kontsideratzen dira (pagadi azidofilo atlantiarrak).
Era berean, Domoaren ertzetan nahiz inguruko eremu batzuetan aurki daitekeen artadi kantauriarra ere Europar intereseko habitata da. Artea (Quercus ilex) nagusitzen diren baso hauek oso bereziak dira kantauri isurialdean, berez artadia klima mediterraneoko baso mota bat delako.
Hauez gain, haltzadi, harizti eta baso-mistoak ere hedatzen dira landa eremu eta altitude handieneko guneen artean. Hauetan, espezie belarkara, zuhaixka eta zuhaitz espezie ugari aurkitu daitezke: elorri zuria (Crataegus monogyna), elorri beltza (Prunus spinosa), ezkia (Tilia platyphyllo), hurritza (Corylus avellana), gereziondoa (Prunus avium) lizarra (Fraxinus excelsior), astigarra (Acer campestre), haritza (Quercus robur), zuhandorra (Cornus sanguinea), etab.
Bestalde, aipagarria da mendi aldeko naiz beheko haranetan kokaturiko larre, sastrakadi nahiz txilardien balioa ere, hauetan flora aniztasun handia aurki daitekeelako. Adibidez, ikusgarriak dira goi-mendietako larreetan hazten diren lilipak (Narcissus asturiensis) edota sega-belardietako orkideak (Anacamptis pyramidalis, esaterako).
Ornodun eta ornogabeen aniztasuna ere handia da. Babes maila kontuan hartuz gero, hegaztiek eta saguzarrek osatzen dituzte talde garrantzitsuenak. Domoko harkaiztiek babes aparta eskeintzen dute sai zuria (Neophron percnopterus), hontz handia (Bubo bubo), belatz handia (Falco peregrinus) eta sai arrea (Gyps fulvus) bezalako harrapari eta sarraskijaleentzat. Bestalde, landa eremuan nahiz erreka inguruetan ohikoa da miru gorria (Milvus milvus), koartza hauskara (Ardea cinerea) edota ur-zozoa (Cinclus cinclus) bezalako espezieak. Baso eremuetan okil espezie ezberdinak ere bizi dira.
Ataungo kobetan, harkaiztietako zein zuhaitzetako zirrikituetan, eta eraikinetan ezkutatzen diren saguzarrek ere aipamen berezi bat merezi dute. Euskal Herrian ditugun 27 saguzar espezieetatik, gutxienez 16 espezie topatu daitezke Ataunen urteko sasoi ezberdinetan. Kobazuloetako Ferra-saguzar handia (Rhinolophus ferrumequinum) eta txikia (Rhinolophus hipposideros) dira ziurrenik ezagunenak, baina galtzeko arriskuan dagoen, eta Ataungo baso hostozabaletan bizi den baso saguzarrak (Barbastella barbastellus) garrantzi berezia dauka.
Ataun zeharkatzen duen Agauntza erreka bioaniztasunarentat balio handiko eremua da. Azken hamarkadetan, bertan eta inguruko erreketan bizi ziren bisoi europar (Mustela lutreola) eta muturluzearen (Galemys pyrenaicus) populazioek gainbera itzela izan duten arren, ibaia babestu eta honen egoera hobetzea giltzarria da espezie horien berreskurapenerako nahiz habitat hauei loturiko beste hainbat bizidunei babesa eskaintzeko, amuarraina (Salmo trutta) kasu.