Los orígenes de este instrumento musical se remontan hasta el siglo III a.C. Geográficamente, el « invento » se localiza en la ciudad de Alejandría, que en la época mencionada era un importante centro de la cultura y la ciencia.

En este contexto histórico el griego Ctesibios creó el hydraulis, es decir, el que se considera como el antepasado más lejano del órgano. El nombre, con el que el propio autor-inventor denominó a su creación , obedece a una característica original de aquel primer órgano: la utilización del agua como peso para comprimir el aire (hoy día esa función la desempeñan los pesos colocados sobre los tableros de los fuelles). El hydraulis poseía desde su invención los elementos consustanciales a todo órgano:

1. Una o varias filas de tubos sonoros.
2. Un secreto para almacenar el viento.
3. Unos fuelles.
4. Un teclado para dirigir el viento hacia uno u otro tubo.

El invento de Ctesibios tuvo una pronta aceptación y expansión en el mundo griego. Además, en este primer momento se usó con distintas finalidades: para amenizar los momentos de ocio, para advertir a los ciudadanos en situaciones de alerta, para transmitir mensajes…

Roma acogió, también con gran éxito, el invento procedente de Grecia y así, uno de sus más ilustres emperadores, Nerón, fue organista y gran admirador de este instrumento musical.

Cuando el Imperio romano de Occidente se hunde, víctima de las invasiones bárbaras del siglo V, arrastra en su caída al órgano que, en consecuencia, desaparece de la Europa Occidental; pero este instrumento musical proseguirá su camino y se difundirá por el Imperio de Oriente.

El órgano reaparecerá en los reinos cristianos de Occidente hacia el siglo X de la mano de los musulmanes (en la época de Abd al-Rahman III, califa de Córdoba) y tras superar el ostracismo al que había sido condenado por la Iglesia, su historia irá inevitable y naturalmente unida a la historia de ésta, a los avatares de todo tipo que determinan la historia de cada centro o lugar de culto.

Por eso, en la actualidad, los mejores y más hermosos exponentes se encuentran en las iglesias, catedrales y similares. Sin embargo, tuvo que esperar aproximadamente catorce siglos antes de que fuera aceptada por la Iglesia. Hasta el siglo XI el ámbito del órgano estaba limitado a la vida civil, ya que la Iglesia rechazaba los instrumentos musicales por el « peligroso paganismo » del que se les acusaba. A partir del siglo XI la actitud de la Iglesia con respecto al órgano empieza a cambiar, hasta que éste llega a convertirse en un elemento importante en el campo religioso, no sólo como el instrumento musical preferido, sino también como un componente arquitectónico y artístico-estético de la iglesia o la catedral en que se ubica.

De este modo, se crea un nexo inherente ente órgano-iglesia/catedral, por lo que en muchas ocasiones, la calidad y la belleza de aquél sirven como parámetro de la importancia y la grandeza de ésta.

Hoy día el órgano ha conseguido atraer el interés de los expertos y de los menos expertos o los meros aficionados. Además, este interés trasciende el ámbito puramente religioso y se empieza a estudiarlo como una obra de arte, parte integrante del patrimonio cultural, que como tal, hay que mimarlo y cuidarlo. Desde esta perspectiva, muchos órganos se están restaurando, se ahonda en su historia, se organizan conciertos… y se publican folletos como éste para darlos a conocer.