Les espèces de faune et de flore qui se trouvent dans ce relief accidenté, rempli de contrastes, abondent.
Quant à la végétation, les hêtres sont les forêts les plus étendues à Ataun. Entre certaines zones du Domo, dans la région de Marumendi et dans la zone qui va de Lizarrusti au mont Aitxu, on atteint 36 % de la municipalité. Le hêtre (Fagus sylvatica) prédomine dans ces forêts, bien que les teintures (Taxus baccata) et les acébos (Ilex aquifolium) soient également alternées. Étant donné qu’une grande partie de ces hêtres sont situés dans des terres acides qui fournissent des grès, ils sont considérés comme des habitats d’intérêt européen (hêtres acidophiles atlantiques).
De même, l’enrubannage cantabrique que l’on peut trouver aussi bien dans les marges du Dôme que dans certaines zones voisines est un habitat d’intérêt européen. Ces forêts dominées par le chêne (Quercus ilex) ne sont pas caractéristiques du versant cantabrique, car le chêne est une sorte de forêt méditerranéenne.
En outre, il y a aussi des auvents, des chênes-lièges et des forêts mixtes entre zones rurales et zones de haute altitude. On y trouve de nombreuses espèces herbacées, arbustives et arborescentes: argousier blanc (Crataegus monogyna), argousier noir (Prunus spinosa), tilleul (Tilia platyphyllo), noisette (Corylus avellana), cerisier (Prunus spinosa), frêne (Fraxo, Excel), etc.
Par ailleurs, la valeur des pâturages, des herbages et des langoustines situés à la fois dans la région montagneuse et dans les vallées basses, où l’on peut trouver une grande diversité de flore, est également remarquable. Par exemple, les narcisses (Narcissus asturiensis) qui poussent dans des prairies de haute montagne ou des orchidées de prairies de moisson comme Anacamptis pyramidalis sont spectaculaires.
La diversité des vertébrés et des invertébrés est également importante. En raison de leur niveau de protection, les oiseaux et les chauves-souris constituent les groupes les plus importants. Les roquettes du Domo offrent une excellente protection pour les prédateurs et les carrossiers comme l’alimoche (Neophron percnopterus), le hibou royal (Bubo bubo), le faucon pèlerin (Falco peregrinus) et le vautre léoné (Gyps fulvus). D’autre part, tant en milieu rural qu’à proximité des cours d’eau, il est courant de voir des espèces comme le milano rouge (Milvus milvus), la griffe (Ardea cinerea) ou le myrtille aquatique (Cinclus cinclus).
Les chauves-souris qui se cachent dans les grottes d’Ataun, dans les fentes des rochers et des arbres, et dans les bâtiments méritent également une mention spéciale. Sur les 27 espèces de chauves-souris du Pays Basque, au moins 16 espèces peuvent être trouvées à différentes époques de l’année à Ataun. Les plus connus sont la grande chauve-souris de fer à cheval des grottes (Rhinolophus ferrumequinum) et le petit (Rhinolophus hipposidero), mais vous pouvez également trouver la chauve-souris de forêt (Barbastella barbastellus) qui est en danger d’extinction et qui habite dans les forêts luxuriantes d’Ataun.
La rivière Agauntza qui traverse la localité est un lieu de grande valeur pour la biodiversité. Étant donné que les stocks de vison européen (Mustela lutreola) et de déman (Galemys pyrenaicus) ont été perdus au cours des dernières décennies, la protection et l’amélioration de la rivière sont essentielles à la fois pour la récupération de ces espèces et pour la protection d’autres êtres vivants associés à ces habitats comme la truite (Salmo trutta).